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  1. HMM:HMM - Hidden Markov Models
  2. hmm.discnp:Hidden Markov models with discrete non-parametric observation distributions
  3. RHmm:Hidden Markov Models simulations and estimations
  4. tileHMM:Hidden Markov Models for ChIP-on-Chip Analysis
  5. BMN:The pseudo-likelihood method for pairwise binary markov networks
  6. depmixS4 Dependent Mixture Models - Hidden Markov Models of GLMs and Other Distributions in S4
  7. pomp:Statistical inference for partially observed Markov processes
  8. HiddenMarkov:Hidden Markov Models
  9. hsmm:Hidden Semi Markov Models
  10. MSBVAR:Markov-Switching, Bayesian, Vector Autoregression Models
  11. mhsmm:Parameter estimation and prediction for hidden Markov and semi-Markov models for data with multiple observation sequences
  12. msm:Multi-state Markov and hidden Markov models in continuous time
  13. pomp:Statistical inference for partially observed Markov processes
  14. queueing:Basic Markovian queueing models
  15. RHmm:Hidden Markov Models simulations and estimations
  16. RMC:Functions for fitting Markov models
  17. rEMM:Extensible Markov Model (EMM) for Data Stream Clustering in R
  18. rqmcmb2 Markov Chain Marginal Bootstrap for Quantile Regression
  19. SIN A:SINful Approach to Selection of Gaussian Graphical Markov Models
  20. VLMC:VLMC – Variable Length Markov Chains

蒙地卡羅馬可夫法 (Monte Carlo Markov Chain, MCMC)

  1. mcmc:Markov Chain Monte Carlo
  2. mcmcplots:Create Plots from MCMC Output
  3. BayHap:Bayesian analysis of haplotype association using Markov Chain Monte Carlo
  4. MCMCglmm:MCMC Generalised Linear Mixed Models
  5. MCMChybridGP:Hybrid Markov chain Monte Carlo using Gaussian Processes
  6. MCMCpack:Markov chain Monte Carlo (MCMC) Package
  7. MHadaptive:General Markov Chain Monte Carlo for Bayesian Inference using adaptive Metropolis-Hastings sampling
  8. potts:Markov Chain Monte Carlo for Potts Models

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